Pierwsze oficjalne zaproszenie do Dukli wręczył Ojcu Świętemu Burmistrz Miasta i Gminy Zygmunt Nowak podczas pielgrzymki do Watykanu Stowarzyszenia Gmin Małopolskich w 1994 r.

Próba generalna 5 października 1995 r. wyruszyła do Stolicy Apostolskiej 90 osobowa grupa pielgrzymów z Dukli. Podczas wizyty doszło do kameralnego spotkania z Ojcem Świętym, któremu mieszkańcy Dukli wręczyli zaproszenie: "Ojcze Święty, my mieszkańcy ziemi Bł. Jana z Dukli z wielką pokorą i nieśmiałością zapraszamy do Dukli, abyśmy mogli przeżywać kanonizację swego rodaka w miejscu Jego urodzin".

W audiencji uczestniczyli: metropolita przemyski ks. abp. Józef Michalik, prowincjał O.O. Bernardynów O. Czesław Gniecki, dukielscy proboszczowie oraz księża z sąsiednich parafii. Ojciec Święty dobrze pamiętał Duklę, Górę Cergową, pustelnię Błogosławionego Jana.

Msza w Klasztorze OO Bernardynów w Dukli

Duchowym przygotowaniem wiernych do kanonizacji była odprawiana w dukielskim klasztorze Nowenna ku czci Błogosławionego Jana od października 1994 do czerwca 1995 roku. Tematami rozważań były: "Wiara, Nadzieja, Miłość, Rodzina, Kościół, Apostolstwo, Miłosierdzie Boże, Matka Boża, Świętych obcowanie". Homilie podczas uroczystości wygłaszali biskupi polscy i ukraińscy, m.in. abp Ignacy Tokarczuk, abp Józef Michalik, abp Marian Jaworski. W procesjach uczestniczyły rzesze wiernych z całego kraju. Od września 1996 roku każda parafia archidiecezji przemyskiej odprawiała nowennę ku czci przyszłego świętego, przygotowującą wiernych do kanonizacji oraz przyjazdu Ojca Świętego.

Przejazd Jana Pawła II 9 czerwca o 20 40 Ojciec Święty Jan Paweł II odmówił krótką modlitwę przed dukielskim klasztorem oraz wygłosił do zgromadzonych wiernych przemówienie, w którym wymienił cnoty jakimi kierował się w swoim życiu Święty Jan z Dukli. Ojciec Święty spędził noc w klasztorze. Nazajutrz odprawił mszę św. kanonizacyjną na krośnieńskim lotnisku.